En hemmareducering och ett onödigt rött kort på Miro Tenho inom loppet av tre minuter gjorde slutet dramatiskt.
Men Djurgården höll undan och tredje raka segern i Conference League lyfte laget upp på en topp 8-plats, en direktplats till åttondelsfinal, inför torsdagskvällens matcher.
Djurgården avslutar gruppspelet hemma mot Legia Warszawa den 19 december.
Stockholmslaget hade det kämpigt i regn och stark motvind i första halvlek.
I andra fick man vinden i ryggen och började skjuta in sig.
Gustav Wikheim träffade ribban och Denis Hümmet kryssribban innan utdelningen kom.
I 62:a minuten fick Keita Kosugi kanonträff med vänstern och Djurgården var i ledning med 1–0.
Bara tre minuter senare spelade Hümmet fram Wikheim som chippade in 2–0 över en utrusande Ingvar Jónsson i hemmamålet.
Men reduceringen kom. I 72:a minuten gav Ari Sigurpálsson hemmalaget nytt hopp med en reducering och det växte ytterligare när Djurgårdens back Miro Tento fick syna det röda kortet i 75:e minuten.
Detta efter en onödig satsning på mittplan.
Tobias Gulliksen var nära att avgöra med ett 3–1-mål, men träffade stolpen i 85:e minuten.
Men Djurgården kunde hålla undan i ovädret till cirka 300 tillresta supportrars glädje.
Djurgården var framme i åttondelsfinal i Conference League för två år sedan då man åkte ut mot Lech Poznan.
