En kraftig brand rasar på platsen, rapporterar nyhetssajten Delfi. Det ska röra sig om ett två våningar högt bostadshus. På bilder syns kraftig rök stiga från området.
Minst en person har omkommit i kraschen, som inträffade vid 05.30 på måndagsmorgonen. Enligt Delfi är den omkomne en av piloterna.
– Två har förts till sjukhus, en har dödförklarats. Det här är personerna som var på planet, enligt preliminära uppgifter, säger Saulius Rasevskis vid räddningstjänsten till LRT.
Det finns inga rapporter om skadade i bostadshuset, som rymmer fyra lägenheter. Tolv personer, utan skador, har evakuerats från huset, enligt polis.
Området är inte särskilt tätbefolkat, men det finns enstaka hus i omgivningen.
Räddningstjänsten söker efter den fjärde besättningsmedlemmen.
Planet tillhör en entreprenör som flyger för DHL och kom från tyska Leipzig. Fyra personer, varav två piloter, ska ha varit ombord. Minst en av piloterna uppges ha varit vid medvetande när han fördes till sjukhus.
Orsaken till olyckan ännu inte klarlagd, uppger DHL Litauen för LRT.
Europeiska säkerhetskällor har nyligen varnat för att ryska agenter kan försöka smuggla in brandfarliga föremål på fraktflygplan, efter flera incidenter med försändelser som fattat eld, något bland annat Washington Post rapporterat om.
Händelserna tros ha varit del i en rysk sabotagekampanj mot Natoländer som skickat stöd till Ukraina under det ryska anfallskriget, enligt källorna. Ryssland har förnekat inblandning.
