Laget från Hisingen hade med sig 6–1 från den första matchen på Bravida arena.
I returen i Estland blev det 1–1. Häckens mål gjordes av Adam Lundqvist, och var backens första mål sedan 2016.
Efter totalt 7–2 över dubbelmötet är Häcken vidare i kvalet.
I nästa kvalrunda, den fjärde och sista, ställs Häcken mot tyska Heidenheim.
