Fransmannen Giovanni Mpetshi Perricard, rankad 31:a i världen, vann den jämna matchen med 7–6, 6–7, 7–6 efter att ha slagit 36 serveess.
29-årige Kyrgios gör i Brisbane sin första ATP-turnering på ett och ett halvt år. Den australiske tennisprofilen spelar också i dubbelturneringen i par med Novak Djokovic. Stjärnduon vann där sin första match och spelar igen på nyårsdagen.
För Djokovic fortsätter spelet även i singelturneringen. Den 37-årige serben inledde med seger (6–3, 6–3) mot hemmaspelaren Rinky Hijikata.
Skadedrabbade Kyrgios är redan klar för spel i Australian Open i januari, vilket blir hans första grand slam-turnering sedan 2022.