Svahn var det enda blågula inslaget i finalen efter att ha vunnit både sin kvartsfinal och semifinal. Svenskan dominerade länge finalen, men fick till slut ge sig mot Nadine Fähndrich, som var först in på upploppet.
– Jag ville köra om segern och jag tycker att jag gör det jag ska för att kunna utmana. Men det är lite som fattas, säger Linn Svahn till Viaplay.
Pallplatsen var den första för säsongen för Svahn.
– Det tog lite tid i år, säger 25-åringen, som siktar på en senare formtopp med tanke på VM i Trondheim senare i vinter.
– Jag har några månader kvar för att det verkligen ska vara bra.
Topp tre i totalen – ettan Astrid Øyre Slind, tvåan Therese Johaug (båda Norge) och finländskan Kerttu Niskanen – åkte ut i kvartsfinalen. Även kvalvinnaren Jasmi Joensuu, Finland, missade semifinal.
I kvartsfinal försvann även Moa Ilar eller Ebba Andersson. Ilar var ytterst nära att nå semifinal på tid, men var 43 hundradelar för långsam när hon slutade trea i sitt heat.
Distansspecialisten Andersson tog sig vidare från kvalet som 30:e och sista åkare, men slutade sist i kvartsfinalen som vanns av landslagskamraten Svahn.
Endast tre svenskor kom till start i fredagens etapp. Kvartetten Johanna Hagström, Maja Dahlqvist, Märta Rosenberg och Moa Lundgren har tvingats avbryta Tour de Ski på grund av förkylningar.
Det är oförändrat i toppen av totalen efter sprintloppet. Linn Svahn avancerade fem placeringar och är nu tia, 3.24 minuter efter ledande Slind.
Den näst sista etappen är skiathlon och avgörs på lördagen.
Läs mer:
Anger bröt staven – Grate trea i sprintfinalen
