Isaac Kiese Thelin, som nyligen förlängde kontraktet, brände ett par lägen och Anders Christiansen fick också en fin chans i bortamötet med Besiktas.
Det var bara en del av missarna i Istanbul.
En trubbighet som straffade sig borta mot Beşiktaş i Europa League.
Ricardo Friedrich, som spelade i stället för skadade förstavalet Johan Dahlin, hade inget att göra på Ernest Muçis avslut i 76:e minuten. Och nio minuter senare fick målvakten på nytt plocka en boll ur maskorna, då Semih Kilicsoy satte 2–0.
Malmö fick lite hopp med Søren Rieks reducering på tilläggstid men då var tiden för knapp för att ordentlig jaga ytterligare mål.
Redan klara SM-guldvinnaren har därmed fått en tuff start på Europaspelet, med tre förluster på fyra matcher.
Närmast i Europa väntar bortamatch mot ungerska Ferencváros den 28 november, och sedan återstår Galatasaray, Twente och Slavia Prag.
