Varningen kommer på ett möte med Natoländernas utrikesministrar i Bryssel.
– Ryssland stöder Nordkoreas kärnvapenprogram i utbyte mot soldater, säger han.
På en pressträff efter mötet pekar Rutte även ut Ryssland för att tillsammans med Kina ligga bakom attacker i Natoländer.
– Vi måste hålla förövarna ansvariga. Både Ryssland och Kina har försökt destabilisera våra samhällen med sabotage, cyberattacker och energiutpressning, säger Rutte i Bryssel.
Som svar utlovas bland annat ökat informationsutbyte mellan Natoländerna, gemensamma övningar och bättre skydd av viktig infrastruktur. Tuffare tag utlovas också mot den ryska ”skuggflotta” som användas för att kringgå västvärldens sanktioner med anledning av Rysslands krig i Ukraina.
Några exakta detaljer om hur det ökade skyddet ska se ut ges dock inte.
– Vi tittar löpande på saker vi kan göra, både på egen hand men också gemensamt, för att möta ett ökande hybridhot mot inte minst Östersjöregionen, sade utrikesminister Maria Malmer Stenergard (M) på väg in till mötet under tisdagen.
Natoländerna har i Bryssel även talat om stödet till Ukraina och det tryck som nu ökar på att länderna bör höja sitt mål om att lägga minst motsvarande två procent av BNP på försvaret. Siffror på 2,5 eller rentav 3 procent nämns inför Natos nästa toppmöte, i nederländska Haag i sommar.
– Vi står bakom att de europeiska Natomedlemmarna, men också Kanada, måste investera mer i sitt försvar. Det är helt uppenbart att vi kommer att behöva skärpa våra ambitioner. Sen exakt var det landar får vi återkomma till, sade Malmer Stenergard.