Den 22-årige österrikaren ledde efter första omgången och pallade för trycket när han sedan hoppade för segern inför fullsatta läktare i den tyska skidorten.
Tschofenig vann klart på 298,9 poäng – 8,6 fler än schweiziske tvåan Gregor Deschwanden.
Den österrikiska dominansen har varit stor i de två inledande tävlingarna. I Oberstdorf blev det en trippelseger, då med Tschofenig på en tredjeplats.
I den traditionstyngda nyårsdagshoppningen fick han sällskap av lagkamraten Michael Hayböck på prispallen. Hayböck satte nytt backrekord – 145 meter – i första omgången och slutade trea.
Backhopparveckan lämnar nu tysk mark för två avslutande tävlingar i Österrike: Innsbruck på lördag och Bischofshofen på måndag.
Daniel Tschofenig leder totalställningen, som en österrikare inte har vunnit sedan årskiftet 2014–15.
