Guldet var Botswanas första i OS-sammanhang någonsin.
Kenneth Bednarek, USA, tog hand om OS-silvret, medan Lyles fick nöja sig med bronset.
Efter finalen meddelade USA:s friidrottsförbund att Lyles har covid-19, enligt BBC. Han ska enligt en källa ha testats positivt för två dagar sedan, rapporterar nyhetsbyrån AP.
Den 27-årige bronsmedaljören hade som målsättning att vinna tre guld under OS i Paris. Först på 100 meter, där Lyles tog guld med blott fem tusendelar av en sekunds marginal, och därefter på 200 meter och på 4×100 meter – samma bedrift som han stod för på VM i Budapest förra året.
