Det var vid ledning med 2–0 i set och 8–7 i det tredje mot David Szantosi som Karlsson fick känning i ljumsken.
Han lindades hårt kring ena låret och lyckades vinna det tredje setet med 13–11. Nu är det osäkert om Kristian Karlsson kan fullfölja mästerskapet.
Karlsson gjorde sin första match i VM då han kom senare till London efter att ha blivit pappa.
De svenska herrarna gjorde sin första match efter succésegern över Kina – den första på 26 år – i seedningsgruppspelet i söndags.
Truls Möregårdh inledde lite osäkert mot Adam Szudi, men vid underläge med 5–9 i första set skärpte han spelet och vann med 12–10, 11–5, 11–5.
Anton Källberg fortsatte med att besegra ungerske ettan Andras Csaba med 3–1 i set och Kristian Karlsson vann i tre raka över David Szantosi.
Sverige ställs mot Kroatien i åttondelsfinal.
