Ebba Andersson, som både vunnit och kommit tvåa i den tuffa slutetappen av Tour de Ski, hoppades på en pallplats på etappen även i år.
Hon hängde med i täten och låg tvåa efter Therese Johaug en bit upp i slalombacken Alpe Cermis, men fick sedan se sig frånåkt av ytterligare tre norskor.
Andersson slutade femma på etappen, 44 sekunder efter Johaug. I totalen avancerade hon en placering till sjätte plats, nästan fem minuter efter Johaug.
Den norska skiddrottningen, som gjort comeback i vinter efter barnafödande, vann lördagens skiathlon och tog då över ledarvästen i touren från landsmaninnan Astrid Øyre Slind.
Johaug ledde från start till mål sista dagen och var i mål hela 25 sekunder före Slind och 28 före Heidi Weng.
Johaug vann den tuffa etappen med uppförsklättringen för nionde gången och tog sin fjärde totalseger i Tour de Ski.