Khalid Sheikh Mohammed och två medbrottslingar, Walid Bin Attash och Mustafa al-Hawsawi, väntades erkänna vid militärkommissionen på basen Guantanamo Bay så snart som nästa vecka.
I utbyte skulle de slippa risken för dödsstraff och i stället dömas till livstids fängelse, vilket framkom i ett brev som skickats till familjer till de nästan 3 000 människor som dödades i terrorattackerna.
Men försvarsminister Austin ska nu ha dragit tillbaka erbjudandet om en överenskommelse.
”Ansvaret för ett sådant beslut ska vila på mig”, skriver Austin i ett PM riktat till Susan Escallier, som överser målet i militärdomstolen i Guantanamo Bay, enligt AFP.
Han skriver vidare att han drar tillbaka de avtal som Escallier undertecknat gällande de tre männen.
Flera familjer till offren för attacken har fördömt överenskommelsen. Även Republikaner var snabba med att klandra Biden-regeringen, men Vita huset har hävdat att de inte haft någon kännedom om avtalen.
De tre männen greps 2003 och hålls frihetsberövade på Guantanamo Bay. Den utdragna rättsprocessen har påverkats av frågan om huruvida den tortyr de utsatts för i CIA:s häkte har påverkat bevisningen.
Det har gått över 16 år sedan åtalsprocessen för al-Qaidas terrorattacker inleddes – och mer än 20 år efter att terrorister tog över trafikflygplan och kraschade in dem i World Trade Center i New York och i Pentagon. Nästan 3 000 personer dog i attackerna.
