Frisläppandet av 74-åringen skedde efter att danska myndigheter avvisat Japans krav på att han ska utlämnas till Japan.
Watson greps då han var på väg i egen båt för att försöka stoppa det japanska valfångstfartyget Kangei Maru den 21 juli i år. Enligt Watson bordades hans båt av ett dussin poliser. Han fördes bort i handfängsel.
Redan 2012 utfärdade japanska myndigheter en arresteringsorder mot Watson då han enligt dem gjort sig skyldig till olaga ombordstigning på deras fartyg. Japanska myndigheter anser att Watson i åratal saboterat för japanska valfångarfartyg.
Enligt Paul Watson har hans insatser lett till att man räddat livet på runt 5 000 valar. Han anser sig ha agerat fredligt då han stoppat harpuneringen av valarna, en åsikt japanerna inte delar.
Watson, som bor i Frankrike sedan ett drygt år, har varit kontroversiell i många år på grund av sin aktivism. Han greps i Tyskland 2012 efter en utlämningsorder från Costa Rica, men släpptes mot borgen efter att ha fått veta att han också var efterlyst av Japan, som anklagar honom för att ha äventyrat valfångares liv under sina operationer i Antarktis.
Valfångst har varit förbjuden i hela världen sedan 1986. Men tre länder har beslutat att fortsätta jaga val – Japan, Norge och Island.