BP inledde målskyttet på Strawberry arena, när Alex Timossi Andersson nickade in Wilmer Odefalks fina inlägg.
Innan halvleken var slut hade AIK vänt. Först kvitterade hemmalaget efter samarbete mellan lagets bästa poänggörare Rui Modesto och Ioannis Pittas.
På tilläggstid slog Anton Salétros in 2–1-målet via en frispark.
AIK klättrar nu upp till en femteplats, en poäng före samt en match mer spelad än sexan Häcken. BP ligger på tiondeplats.
Tidigare i veckan sparkade IFK Värnamo tränaren Anes Mravac. I samma veva presenterades Ferran Sibila som ny tränare.
I Sibilas första match som Värnamotränare blev det ett kryss mot BK Häcken på Bravida arena, och en värdefull poäng i bottenstriden.
Hemmalaget började bäst, och Jeremy Agbonifo satte sitt första allsvenska mål efter 27 minuter.
I andra halvlek kom Värnamo mer in i matchen. Och efter att Gustav Engvall fällts i straffområdet tilldelades bortalaget en straff, som Ajdon Zeljkovic förvaltade på bästa sätt.
Efter dagens 1–1-resultat är Värnamo kvar på kvalplats, Häcken på sjätteplats.