De två männen ska ha dött i en stor eldutväxling gentemot indiska säkerhetsstyrkor under onsdagen, enligt indiska myndigheter.
Militären säger sig också ha beslagtagit en stor mängd vapen och ammunition.
Under tisdagen dödades 26 personer i den populära turistorten Pahalgam i den indiska delen av Kashmir, när fyra beväpnade män öppnade eld. Attacken beskriv som den dödligaste i regionen på 25 år.
Alla de döda uppges vara män bosatta i Indien, förutom en från grannlandet Nepal, enligt polisuppgifter.
Ingen grupp har ännu tagit på sig dådet.
Premiärminister Narendra Modi har kallat attacken ”avskyvärd” och lovat att de skyldiga ska ställas till svars. Modi valde också att avbryta sitt statsbesök i Saudiarabien till följd av dådet.
Kärnvapenmakterna Indien och Pakistan styr varsin del av den natursköna bergsregionen Kashmir, men båda gör anspråk på hela området. Sedan 1989 har huvudsakligen muslimska rebellgrupper stridit mot det indiska styret.
De strävar efter självständighet eller en sammanslagning med Pakistan.
Indien anklagar återkommande Pakistan för att stötta rebellgrupperna.
Den värsta attacken på senare år inträffade i Pulwama i februari 2019, då en bil lastad med sprängmedel rammade polisbilar och dödade 40 personer. Den dödligaste attacken under de senaste åren med civila som offer skedde i mars 2000 då 36 personer dödades.
