Berggren har arbetat i Djurgården i nästan 25 år, varav de senaste 12 som klubbdirektör.
Nu tar han över toppjobbet i Sef, efter att tidigare generalsekreteraren Johan Lindvall tvingats bort i april.
”Svensk Elitfotboll har en unik position i samhället och jag ser mycket fram emot att tillsammans med klubbarna, styrelsen, våra partners och alla medarbetare fortsätta utveckla svensk fotboll”, säger Berggren på Sef:s hemsida.
”Henrik Berggren har den erfarenhet och det ledarskap vi behöver för att kunna ta nästa steg i vår utveckling. Vi är övertygade om att han kommer att bidra till att stärka svensk elitfotboll på alla plan”, säger Sef:s ordförande Jens T Andersson.
Berggren tillträder tjänsten under hösten. Tills dess kommer vice generalsekreteraren Lena Engström agera tillförordnad generalsekreterare.
