Honkavaara ersätter Kim Bergstrand och Thomas Lagerlöf som fick lämna klubben i höstas och som på tillfällig basis ersattes av Roberth Björknesjö.
Kontraktet med Honkavaara, som ansluter från det finländska mästarlaget Kups, är skrivet över tre år.
– Fantastiskt roligt och det känns nästan lite overkligt att vara här i Djurgården, säger Honkavaara till klubbens hemsida.
Under året har han lett Kups till seger i både ligan och cupen. För prestationer utsågs han till årets tränare i Finland.
– Vi är väldigt glada över att Jani valde att komma till Djurgården – en person som har gjort ett stort intryck på oss, både som person och ledare, säger Djurgårdens sportchef Bosse Andersson.