Den svenske spelfördelaren fick lämna planen tidigt i andra halvlek efter en armbåge mot Dean Bombac och efter det kom Sverige av sig.
Det var en på många sätt blek svensk insats i Arena Paris Sud, där många underpresterade.
Nu är medaljkandidaten Sverige illa ute i OS och kvartsfinalplatsen hotad efter två förluster på tre matcher.
Sverige, på nytt utan försvarsresen Max Darj, gjorde en svag defensiv insats i den första halvleken. Slovenien med jättarna Borut Mackovsek och Blaz Blagotinsek samt kaptenen och spelfördelaren Jure Dolenec kunde gå fram till femmålsledning efter 20 minuter.
Sverige fick lite bättre ordning på anfallsspelet i slutet av halvleken och kröp nästan ikapp i halvtid, då ställningen var 15–14 till slovenerna.
Tobias Thulin, framgångsrik i segermatchen mot Spanien, ersatte Andreas Palicka i starten av andra halvlek och inledde med två räddningar.
Sedan kom Gottfridssons röda kort. Domarna visade även upp ett blått kort, vilket innebär att situationen ska granskas vidare och att den svenske nyckelspelaren har mer efterräkningar att vänta.
Som ytterligare lök på laxen skadade sig även Felix Claar, den andra svenske spelfördelaren, och satt på bänken under andra delen av halvleken. Även kantspelaren Daniel Pettersson blev liggande på planen i slutet av matchen och fick ledas till bänken.
Ett frustrerat Sverige lät åter slovenerna rycka i målprotokollet och när svenskarna kontrade var målvakten Klemen Ferlin en vägg.
Sverige har kvar att möta Kroatien på fredag och Japan på söndag. Det kommer sannolikt att behövas två segrar om Sverige ska bli ett av de fyra lag som går vidare till kvartsfinal.
