Bilder visar hur ett stort rökmoln stiger över staden efter attacken, som inträffade en knapp timme efter att Israel beordrat evakuering i området på söndagseftermiddagen.
Den israeliska försvarsministern Israel Katz säger i ett uttalande att Hizbollah använt byggnaden för att förvara luftrobotar som ”utgjorde ett betydande hot mot staten Israel”, rapporterar Reuters.
Det finns inga uppgifter om eventuella personskador.
Attacken är den tredje som Israel riktar mot den libanesiska huvudstaden sedan vapenvilan mellan Israel och Hizbollah i Libanon trädde i kraft i november förra året, skriver Times of Israel.
Libanons president Joseph Aoun uppmanar USA och Frankrike – som var med och tog fram överenskommelsen om vapenvila förra året – att kräva att det israeliska bombandet upphör.
”Israels fortsatta handlingar för att undergräva stabiliteten förvärrar spänningarna och utsätter regionen för en reell risk”, säger Aoun i ett uttalande.
Hizbollah har inte kommenterat attacken.
