”För er säkerhet måste ni evakuera era hem omedelbart” och ta er till ”öppna områden”, uppger den israeliska militären.
De 16 städerna ligger nära gränsen.
En fyravåningsbyggnad i staden Baalbek, som ligger i östra Libanon, har träffats av en israelisk attack i gryningen, rapporterar Libanons statliga nyhetsbyrå NNA. Minst fyra personer har dödats och ytterligare sex rapporteras ha skadats.
Natten mot måndagen började Iranstödda Hizbollah skjuta raketer och drönare från Libanon mot norra Israel. Attackerna har därefter besvarats i form av israeliska luftangrepp mot mål i libanesiska byar och huvudstaden Beirut.
På tisdagskvällen genomförde Hizbollah nya attacker, den här gången mot en israelisk bas i Haifa i landets norra delar. Den israeliska militären har bekräftat attacken men påstår att de flesta ”inkommande projektiler” sköts ned.
Israel hade på tisdagen utfärdat varningar om attacker till boende i cirka 80 libanesiska samhällen, samt beordrat markstyrkor till södra Libanon.
Minst 40 personer har dödats sedan i helgen.
