Det har länge riktats kritik mot finansieringen av friskolorna.
Beräkningarna har kritiserats för att slå orättvist mot eleverna i de kommunala skolorna som får för lite pengar, enligt bland annat Riksrevisionen.
Bristen på ett strikt nationellt regelverk har också lett till att kommunerna räknar på olika sätt. Det gör att skolpengen kan skilja så mycket som 70 000 kronor per elev och år mellan två kommuner.
Förra sommaren presenterade utredaren Lena Holmdahl en utredning som föreslog att kommuner ska kunna dra av 6 procent på skolpengen till fristående grundskolor eftersom de har merkostnader.
Men utredningen kastades i papperskorgen för att regeringen inte tyckte den var tillräckligt bra.
På torsdagen tog utbildningsminister Simona Mohamsson (L) emot den andra delen i utredningen som tar sig an finansieringen av gymnasieskolan.
Utredningens förslag bör ses som en helhet och genomföras tillsammans, enligt utredaren.
– Liberalerna har varit tydliga med att staten behöver ta ett större ansvar över skolan, säger nuvarande utbildningsminister Simona Mohamsson (L) till DN.
Men det är oklart vem som kan ta utredningens förslag vidare eftersom regeringsbildningen ännu inte är löst. Men nu finns det i alla fall flera konkreta förslag som nästa regering kan arbeta vidare med, menar hon.
Bland annat föreslår utredningen att staten ska förbättra den nuvarande riksprislistan som kommunerna kan använda för att se hur mycket de ska betala till en friskola.
Meningen är att den då ska fungera normerande för ersättningen för gymnasieskolan.
Samtidigt föreslår utredningen att det görs en omfördelning på fem procent av pengarna som skolor får för elever med höga betyg, till elever med sämre betyg.
– Låt Skolverket justera ersättningen efter vad eleverna har för studieförutsättningar så det blir mer resurser där det behövs, säger Lena Holmdahl.
Utredningen föreslår också mer pengar generellt till de kommunala skolorna som har högre kostnader för att de har ansvar för att se till att alla barn får en skolplats, vilket friskolorna inte har.
I grundskolan har utredningen räknat ut att de har merkostnader på 6 procent och föreslår därför att de drar av lika mycket till friskolorna.
Det är den delen av utredningen som skrämmer friskolorna allra mest.
– Vi är livrädda att det förslaget ska bli verklighet, säger Andreas Mörck som är förbundsdirektör på friskolornas branschorganisation Almega utbildning.
Om det genomförs kommer 48 procent av Almegas medlemmar behöva läggas ned sin verksamhet, menar han och hänvisar till en enkät som Almega låtit Sweco genomföra.
Vissa gymnasieutbildningar ska kunna undantas från avdraget, förslår utredningen.
Samtidigt som kommunen ska kunna ge mer pengar och samtidigt ställa krav på vissa fristående gymnasieskolor, till exempel resursskolor, som kan behöva ha fler lärare per elev, enligt utredningen.
Sveriges lärare välkomnar försöken att komma tillrätta med friskolornas överkompensation.
– Men det räcker inte att bara justera i ett system som behöver göras om i grunden, säger förbundsordförande Anna Olskog.
Utredningen föreslår att ändringarna ska träda i kraft den 1 oktober 2027.