Aleksej fördes skottskadad till sjukhus i vad som beskrivs som ett mordförsök på honom, där gärningsmannen väntade vid ett bostadsområde i nordöstra Moskva, uppger ryska myndigheter och medier.
Hans tillstånd är inte känt, men Kremls talesperson Dmitrij Peskov bekräftade på fredagen att Rysslands president Vladimir Putin informerats om attentatet, skriver Reuters.
Generallöjtnanten är den näst högste inom den ryska militära underrättelsetjänsten GRU. Det var han som skötte kontakterna med Wagnergruppen, privatarmén bakom de många blodiga anfallen i Ukraina under flera. Aleksejev var också den som skulle förhandla med Wagnergruppens ledare Prigozjin under dennes myteri i juni 2023.
Jevgenij Prigozjin omkom i en flygolycka några månader senare. Enligt den amerikanska underrättelsetjänstens bedömning orsakades olyckan av en avsiktlig explosion.
USA anklagade Aleksejev för att ha organiserat cyberattacker under presidentvalet 2016, och Kanada införde sanktioner mot honom för delaktighet i den ryska fullskaliga invasionen av Ukraina 2022. Storbritannien och EU pekade ut honom som ansvarig för attacken med det kemiska vapnet Novitjok i Salisbury 2018, då dubbelagenten Sergej Skripal och dennes dotter skadades och en civilperson dog, skriver Kyiv Independent.
Ukraina har inte officiellt knutits till attentatet mot Aleksejev, men den ukrainska underrättelsetjänsten har tidigare flera gånger slagit till mot höga militärer, på grund av deras inblandning i kriget.
Senast, den 22 december, dödades Fanil Sarvarov, chef för den ryska generalstabens utbildningsenhet med en bilbomb.
Ukraina tar ibland på sig dåden, men har inte uttalat sig ännu i det aktuella fallet.
