Den svenske Arsenaltränaren Jonas Eidevall har ännu inte förlorat i den engelska ligan den här säsongen, men det har samtidigt endast blivit fem poäng på de tre inledande omgångarna efter en seger och två oavgjorda.
När Champions League-gruppspelet sparkade i gång blev det dock förlust direkt. Arsenal tog visserligen ledningen efter en halvtimme genom spanjorskan Mariona Caldentey, men den tidigare Rosengårdsförsvararen Glódís Viggósdóttir nådde högst på en hörna två minuter före pausvilan och kunde kvittera på nick.
Efter var sitt mål i upptakten av den andra halvleken var det dags för Bayern Münchens stjärnanfallare Pernille Harder att över showen.
I den 73:e minuten nickade danskan in 3–2-målet på en hörna. Fem minuter senare satte 31-åringen återigen pannan till på ett inlägg och 4–2 var ett faktum. Och i den 86:e minuten fullbordade anfallaren sitt hattrick när hon skickade in 5–2 för tyskorna från nära håll.
Arsenals svenska landslagsanfallare Stina Blackstenius fick lämna planen mållös i den 66:e minuten. Landslagskamraten Rosa Kafaji byttes in i den 79:e minuten.
I Bayern München saknades Magdalena Eriksson, som haft problem med ett knä. Linda Sembrant och Julia Zigiotti Olme blev inbytta för hemmalaget i slutet av matchen.
Senare i kväll möts Vålerengen och Juventus i grupp C. I grupp D ställs Manchester City mot det regerande mästarlaget Barcelona.