Den ene mannen åtalas för mord och grovt vapenbrott, den andre för medhjälp till mord och grovt vapenbrott.
Pojken sköts till döds med flera skott i stadsdelen Navestad vid 20-tiden den 14 april. 16-åringen hittades skadad utomhus och fördes till sjukhus, men hans liv gick inte att rädda.
– Han blev skjuten i halsen och mot bålen och bröstkorgen, säger åklagare Karin Sanén.
Mordvapnet, en halvautomatisk ombyggd gaspistol, har enligt åklagaren hanterats av de båda åtalade männen tillsammans och i samförstånd före skjutningen.
Mordet tros vara kopplat till en konflikt mellan kriminella nätverk i staden som resulterat i en lång rad grova våldsbrott, däribland flera mord, det senaste året.
Pojken är tidigare ostraffad, men en släkting till honom har enligt NT figurerat i gängkriminella sammanhang.
Karin Sandén berättar att 16-åringen lurades till brottsplatsen.
– Han har fått meddelanden som gjort att han har gått till en viss plats, säger hon.
Mycket av bevisningen bygger på telefontrafik och chattar, och de uppgifterna tyder på att flera personer har varit involverade i brottet.
– Det är alias som använts, men vi vet inte vilka som ligger bakom, vi har inte lyckats identifiera alla.
De två män som åtalas har suttit häktade sedan i maj. Både nekar till brott.
25-åringen som åtalas för mordet åtalas även för förberedelse till mord och stämpling till mord på andra platser i Sverige.