Enligt Moskvas borgmästare Sergej Sobjanin är det det största anfallet mot huvudstaden hittills, och det kom inför den sista valdagen i parlamentsvalet, som pågår till söndagen.
Sojbanin hävdar på Telegram att Ukraina attackerat med 1 600 drönare sedan lördagen, varav 450 riktats mot Moskva. Från klockan 03 till 05 på morgonen ska 249 drönare ha skjutits ned i 17 distrikt.
Sobjanin menade också att det rörde sig om ett försök att störa valet.
Flera drönare ska ha träffat området kring oljeraffinaderiet i Kapotnjadistriktet, och en bostadsbyggnad uppges ha träffats. Från byn Sofyino söder om Moskva rapporteras ett dödsfall.
Vittnen bekräftar för Reuters att man hörde höga smällar och såg rökpelare från oljeraffinaderiets område.
De ukrainska anfallen mot Rysslands oljeproduktion har slagit ut en stor del av kapaciteten, vilket lett till bränslebrist, höga priser och långa köer i många regioner i landet.
Anläggningen i Moskva har träffats flera gånger. Den står för 40 procent av produktionen av bränsle till regionen.
Från hela Moskvaregionen rapporteras att två dödades i anfallet och att 400 personer, varav 70 barn, evakuerades från en 21-våningsbyggnad i Ramenskoje-distriktet, enlig regionguvernören Andrej Vorobjov. Ett antal bostäder ska ha skadats.
Enligt ryska myndigheter har under det senaste dygnet hundratals drönare skjutits ned i regionerna i en mängd i ett stort antal ryska gränsregioner.
Ukraina har inte kommenterat uppgifterna.