Beslutet kommer efter förhandlingar under hela tisdagen och natten mot onsdagen och tunga önskemål från flera länder om att lätta på tidigare klimatåtgärder.
Till sist anser sig ändå ordförandelandet Danmarks klimatminister Lars Aagaard vara nöjd.
– Det här är en väldigt bra och stark kompromiss och det bästa som vi tillsammans kunde komma överens om, säger Aagaard inne på det långa miljöministermötet i Bryssel.
– Det bygger på vetenskapliga råd och tillsammans med EU:s nationella klimatplan (NDC) kan vi nu åka till COP30 (i Brasilien) med en väldigt stark position och återigen visa globalt ledarskap, säger ministern.
I uppgörelsen ingår bland annat möjlighet att räkna in insatser som görs i länder utanför EU.
Att minska med 90 procent har varit EU-kommissionens formella förslag sedan i somras. Hårda diskussioner har dock pågått om detaljerna i hur det ska gå till.
Flera länder i främst östra och södra Europa är kritiska och tycker att det är dags för EU att bromsa sina klimatambitioner. Exempelvis är både Ungern och Polen fortsatt emot den uppgörelse som nu nåtts.
Kompromissen är inte ”nödvändigtvis vacker”, säger en EU-diplomat till AFP.
– Men i den smutsiga, svåra, elaka världen där ute så försöker vi göra någonting bra, säger diplomaten.
Direkt efter att allt var klart om 2040-målet fortsatte ministrarna med att även snabbt försöka enas om EU:s nästa så kallade NDC – nationella klimatplan – om hur mycket utsläppen ska minska till år 2035. Den ska presenteras vid COP30-mötet i Belém i Brasilien som inleds om bara några dagar.
Tills vidare har länderna bara varit överens om att det målet ska ligga i spannet mellan 66,25 procent och 72,5 procent jämfört med 1990.
Läs mer:
Sprickan om klimatmålen: ”Vi fortsätter posera”
Peter Alestig: Ingen vill erkänna att bränslepriserna kommer att stiga
