Ministern skriver i ett inlägg på X att han lämnat in sin avskedsansökan till premiärminister Narendra Modi.
”Utvecklingen de senaste tio dagarna har gjort mig mycket ledsen”, skriver Pradhan i inlägget.
”För att säkerställa att den nuvarande situationen inte utnyttjas av krafter som motarbetar nationen, att landets enhet bevaras och att ingen student dras in i långdragna rättsliga processer, utan i stället kan fokusera på sina studier och sin framtid, har jag skickat in min avskedsansökan till premiärministern”, fortsätter han.
Nyheten om ministerns avgång har fått tusentals demonstranter i Delhi att fira. Vissa kramas, andra viftar med indiska flaggor.
”Demokratin vinner”, skriver rörelsen bakom demonstrationerna, ”kackerlackornas folkparti” på X.
Partiet har krävt ministerns avgång efter misstänkta brister vid läkarutbildningens examinationer.
Demonstrationerna i landet har varit de största mot premiärminister Modi på flera år.
”Kackerlackornas folkparti” grundades i maj sedan en indisk domare vid ett tillfälle liknat unga arbetslösa människor som sökt sig till aktivism vid kackerlackor.
Läs mer:
Marianne Björklund: Premiärminister Modi pressad av arga ”kackerlackor”
Indiens unga ”kackerlackor” har fått nog – Modi skakad