Khalid Sheikh Mohammed och två medbrottslingar, Walid Bin Attash och Mustafa al-Hawsawi, förväntas erkänna vid militärkommisionen i Guantanamo Bay i Kuba så snart som nästa vecka.
Tjänstemän vid försvarshögkvarteret Pentagon är förtegna om villkoren för överenskommelsen. Men enligt New York Times, som citerar anonyma tjänstemän vid Pentagon, inkluderar villkoren att de anklagade männen slipper risken för dödsstraff och i stället döms till livstids fängelse. Det bekräftas av brev från USA:s regering som skickats till närstående till några av offren.
De tre männen greps 2003 och hålls frihetsberövade i Guantanamo Bay. Den utdragna rättsprocessen har påverkats av frågan om huruvida den tortyr de utsatts för i CIA:s häkte har påverkat bevisningen.
USA:s överenskommelse med männen kommer över 16 år efter att åtalsprocessen för al-Qaidas terrorattacker inleddes – och mer än 20 år efter att terrorister tog över fyra kommersiella flygplan och kraschade in dem i World Trade center i New York och i Pentagon. Nästan 3 000 personer dog i attackerna.
Ett fjärde plan kapades och styrdes mot Washington, men det kraschade i Pennsylvania efter att besättningen och passagerare försökt storma cockpiten.
Attacken utlöste vad USA:s dåvarande president George W Bush kallade sitt ”krig mot terrorism”, vilket ledde till USA:s militära invasioner av Afghanistan och Irak och år av amerikanska operationer på andra håll i Mellanöstern.