Målet kom i den 52:a minuten. Efter en hörna vann Botheim en duell i straffområdet och kunde stöta in bollen från nära håll.
Norrmannens fina målform håller i sig. Botheim avslutade vårsäsongen med ett hattrick mot Halmstad och gjorde nu säsongens åttonde mål. Med det ligger han trea i den allsvenska skytteligan.
– Vi måste fortsätta plocka trepoängare och bli bättre match för match, säger Botheim i TV4.
Malmö har två raka segrar och kan börja titta uppåt i tabellen under nye tränaren Gaute Helstrups ledning. Tränaren följde lördagens match från läktarplats, där fick han se ett Malmö som borde punkterat matchen i den andra halvleken.
Degerfors har nu sju raka matcher utan seger.
Läs mer:
Trots drömstart – Halmstad kvar i botten