Olyckan inträffade i samband med starten i närheten av staden Puerto Leguízamo.
Den colombianska radiokanalen Blu Radio rapporterar att minst 110 personer befann sig ombord vid kraschen. En stor räddningsinsats pågår på platsen och minst tjugo personer har räddats.
Run 57 personer har evakuerats levande från planet, uppger två källor för Reuters.
Colombias försvarsminister Pedro Sánchez skriver på X att det är ”med djup sorg” som han har tagit del av uppgifterna.
”Militära enheter är redan på platsen, men antalet offer och orsakerna till olyckan har ännu inte fastställts”, uppger han.
Vidare skriver han att händelsen är djupt smärtsam för landet och att de försöker hjälpa de drabbade på platsen, samtidigt som de bistår deras familjer.
”Jag vill uttrycka mina djupaste kondoleanser till de drabbades familjer, och av respekt för deras sorg uppmanar jag alla att inte spekulera tills officiell information finns tillgänglig”, skriver Sánchez.
Olyckan skedde nära gränsen till Ecuador, och planet ska ha varit en del av en insats mot drogrelaterad verksamhet, enligt Colombias tv-kanal RCN.
Bilder från platsen visar hur planet brinner samtidigt som vrakdelar ligger utspridda.
