Stockholmslaget har därmed god chans att avancera från dubbelmötet, när lagen möts på nytt i Stockholm om en vecka.
I 25:e minuten tvingades Rakow till byte, när lagets rutinerade lagkapten Fran Tudor fick utgå med skada. Men det var ändå hemmalaget som hade de bästa möjligheterna i matchen.
Rakow hade en boll i nät i 68:e minuten, men den armenske domaren blåste för frispark på Hammarbys målvakt Werner Hahn – som stod för flera bra räddningar i matchen.
Hammarby hade en del anfall, men även Rakows målvakt Kacper Trelowski var på tå för dagen.
För vinnaren i dubbelmötet väntar antingen kroatiska Hajduk Split eller litauiska Zalgiris Vilnius i playoff till Conference League.
Läs mer om fotboll.