Planet, från emiratiska Flydubai, utfärdade en typ av larmsignal innan det försvann från flygspårningssajter, skriver The Times of Israel.
Myndigheterna, utreder enligt Haaretz ett attentatsförsök genom kapning. Enligt tidningen misstänks en av piloterna ha planerat att kraschat planet.
Planet svängde tvärt när det var på väg in i Jordaniens luftrum. I samband med det ser det också ut att ha dykt kraftigt i luften – från omkring 10 000 meters höjd till 5 000 meter, enligt flygspårningssajter.
En ”våldsam sammandrabbning” mellan piloterna har rapporterats ligga bakom händelsen. Bland annat utreds uppgifter om en knivhuggningsincident, enligt israeliska i24.
– Vi hörde skrik på planet. Sedan öppnade de cockpiten och vi såg blod, och någon hade knivhuggit piloten med en fickkniv, säger en passagerare till tv-kanalen Keshet 12.
Runt 180 israeliska passagerare fanns ombord planet som nu har landat i Saudiarabien. Situationen uppges vara under kontroll. Passagerarna ska flygas med ett annat plan till Israel, meddelar premiärminister Benjamin Netanyahus kansli enligt Haaretz.
Netanyahu och försvarsminister Israel Katz samlades för ett krismöte med anledning av larmet, enligt medier. Israeliska stridsflygplan rapporteras ha lyft vid det första larmet.
Texten uppdateras.